Zenon Kozendra był też członkiem Rady Nadzorczej PKP Cargo w latach 2001 – 2005 i członkiem zarządu Związku Pracodawców Kolejowych w latach 2006 – 2008. Ponadto zasiadał w radach nadzorczych, takich spółek jak PKP Cargoservice, PKP Cargo Wagon Kraków, PKP Cargo Tabor Karsznice i PKP SA. Jednocześnie Zenon Kozendra złożył oświadczenie o rezygnacji z pełnienia funkcji członka Rady Nadzorczej w PKP SA oraz członka prezydium i sekretarza Rady Sekcji Zawodowej NSZZ ,,Solidarność" w PKP Cargo. 

W listopadzie Zenon Kozendra wraz z Leszkiem Miętkiem zostali odwołani przez kierowane przez Marię Wasiak Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju z Rady Nadzorczej PKP SA, gdzie zasiadali jako przedstawiciele pracowników. Byli oskarżani o konflikt interesów. Ministerstwo zmieniło wówczas także statut PKP SA, wprowadzając ograniczenia dla reprezentantów pracowników. – Jeszcze nigdy nie spotkaliśmy się z taką pogardą i lekceważeniem pracowników, nigdy też żadna władza nie posunęła się do tak nikczemnych zachowań w stosunku do kolejarzy jak obecna – napisali wówczas w oświadczeniu.